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北京莖環(huán)法逆轉(zhuǎn)錄

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-03-30

反轉(zhuǎn)錄酶的注意事項(xiàng),在進(jìn)行RT反應(yīng)之前,應(yīng)考慮以下幾個(gè)方面:RNA:成功的cDNA合成來自高質(zhì)量的RNA,高質(zhì)量的RNA至少應(yīng)保證全長并且不含逆轉(zhuǎn)錄酶的抑制劑,如EDTA或SDS。在提取RNA的過程中,要特別防止RNase的污染,同時(shí)在逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)中經(jīng)常加入RNase抑制劑以增加cDNA合成的長度和產(chǎn)量。RNase抑制劑要在首先鏈cDNA合成反應(yīng)中,在緩沖液和還原劑(如DTT)存在的條件下加入,因?yàn)閏DNA合成前的過程會使抑制劑變性,從而釋放結(jié)合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制劑只防止RNaseA,B,C對RNA的降解,并不能防止皮膚上的RNase,因此盡管使用了這些抑制劑,也要小心不要從手指上引入RNase,實(shí)驗(yàn)過程中經(jīng)常更換新手套。逆轉(zhuǎn)錄技術(shù)可以進(jìn)行從RNA到DNA的轉(zhuǎn)化,從而保護(hù)RNA序列的完整性。北京莖環(huán)法逆轉(zhuǎn)錄

miRNA的加尾法逆轉(zhuǎn)錄和qPCR,miRNA加尾法逆轉(zhuǎn)錄:增加miRNA逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物長度較直接的方法就是增加miRNA的長度,即在miRNA的3端后面添加一段序列,然后進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。因此,加尾法是由兩個(gè)酶共同作用完成的,它們分別是PolyA聚合酶和逆轉(zhuǎn)錄酶。PolyA聚合酶負(fù)責(zé)給miRNA加上PolyA尾,增加其長度。之后逆轉(zhuǎn)錄引物結(jié)合到PolyA序列上,由逆轉(zhuǎn)錄酶完成加長版cDNA的合成。miRNA的加尾法逆轉(zhuǎn)錄和qPCR中的qPCR:miRNA熒光定量PCR的過程跟普通mRNA的相似,但由于加尾法逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的5端均為通用序列,因此其qPCR反向引物都是相同的(通用引物R),不同的是根據(jù)miRNA序列設(shè)計(jì)的正向引物。正向引物的特異性就變得非常重要。對于內(nèi)參,生工生物的miRNA加尾法首先鏈cDNA合成試劑盒(B532451)中內(nèi)置了內(nèi)參U6的正向引物,使用該引物與通用引物R即可進(jìn)行內(nèi)參U6的擴(kuò)增。杭州一體化逆轉(zhuǎn)錄酶測序逆轉(zhuǎn)錄PCR反應(yīng)過程中要注意反應(yīng)管中溶液面積不宜過高,避免泡沫問題。

逆轉(zhuǎn)錄(reversetranscription)是以RNA為模板合成DNA的過程,即RNA指導(dǎo)下的DNA合成。此過程中,核酸合成與轉(zhuǎn)錄(DNA到RNA)過程與遺傳信息的流動方向(RNA到DNA)相反,故稱為逆轉(zhuǎn)錄。逆轉(zhuǎn)錄與反轉(zhuǎn)錄嚴(yán)格意義上來說沒有什么區(qū)別,但是逆轉(zhuǎn)錄是某些病毒的自主行為,如逆轉(zhuǎn)錄病毒,它們在整合到宿主細(xì)胞內(nèi)前以RNA為模板形成DNA的過程;反轉(zhuǎn)錄是進(jìn)行基因工程過程中,人為地提取出所需要的目的基因的信使RNA,并以之為模板人工合成DNA的過程。二者雖同為RNA→DNA的過程,但地點(diǎn)不同,相對性的來說,逆轉(zhuǎn)錄在體內(nèi),反轉(zhuǎn)錄在體外。

RT-PCR逆轉(zhuǎn)錄引物設(shè)計(jì)原則:1.上下游引物要保守:擴(kuò)增子長度需選擇一段保守片段(100-200bp)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,選擇片段需跨越內(nèi)含子,因內(nèi)含子的基因組DNA序列不會被擴(kuò)增,也可減少從污染的基因組DNA中擴(kuò)增得到的假陽性風(fēng)險(xiǎn)。引物選取同樣需要保守。2.引物長度和Tm值:引物設(shè)計(jì)長度為18-25bp,Tm值在50-65℃之間,引物中GC含量在40-60%。設(shè)計(jì)引物時(shí)盡量避免出現(xiàn)4個(gè)或超過4個(gè)G堿基。RT-PCR實(shí)驗(yàn)陰性對照:反轉(zhuǎn)錄陰性對照應(yīng)包括在所有的RT-PCR的實(shí)驗(yàn)中,用來檢測DNA是否污染(如基因組DNA或PCR產(chǎn)物)。該對照所指不加反轉(zhuǎn)錄酶,通過反轉(zhuǎn)錄過程得到cDNA在進(jìn)行熒光定量PCR檢測。如檢測到擴(kuò)增,則樣本中可能含有基因組DNA污染。HIV病毒復(fù)制的一個(gè)重要步驟就是逆轉(zhuǎn)錄。

反轉(zhuǎn)錄酶的用處:由它催化轉(zhuǎn)錄合成的DNA稱為互補(bǔ)DNA(cDNA)。通常情況下,細(xì)胞內(nèi)的轉(zhuǎn)錄應(yīng)由DNA到RNA的,所得RNA為信使RNA(mRNA)供蛋白質(zhì)合成作模板用。而在部分RNA病毒中,要實(shí)現(xiàn)自身擴(kuò)增,必須具有DNA,因此先由RNA逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA再由cDNA轉(zhuǎn)錄出RNA。逆轉(zhuǎn)錄酶可用RT—PCR,將RNA轉(zhuǎn)變?yōu)镈NA后擴(kuò)增,以獲得RNA的序列。1970年從致死RNA病毒中發(fā)現(xiàn)了反轉(zhuǎn)錄酶,并認(rèn)為此酶與病毒的致死性質(zhì)有關(guān)。反轉(zhuǎn)錄酶也分布于某些正常細(xì)胞和胚胎細(xì)胞。反轉(zhuǎn)錄酶的發(fā)現(xiàn)表明不能把生物的遺傳信息由DNA→mRNA→蛋白質(zhì)非?;?,遺傳信息也可以從RNA傳遞到DNA。它促進(jìn)了分子生物學(xué)、生物化學(xué)和病毒學(xué)的研究,已成為研究這些學(xué)科的有力工具。實(shí)時(shí)熒光PCR檢測需要經(jīng)過逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)。深圳彩色反轉(zhuǎn)錄生產(chǎn)廠家

逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)在反應(yīng)前應(yīng)將各反應(yīng)試劑混勻,避免試劑沉淀或剪切。北京莖環(huán)法逆轉(zhuǎn)錄

逆轉(zhuǎn)錄PCR的用途普遍,可用于分析基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物、檢測細(xì)胞中RNA病毒的含量、合成cDNA探針、直接克隆特定基因的cDNA序列等。如在臨床上RT-PCR可以用于遺傳病診斷、病癥檢測、檢測病人標(biāo)本中的RNA病毒,如HAV、HCR、HIV等。在植物方面RT-PCR常用于研究環(huán)境脅迫對植物基因表達(dá)的影響,以及在特定的環(huán)境或生長階段中植物體不同部位基因表達(dá)的差異性。使用RT-PCR檢測分析RNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物具有以下突出的優(yōu)點(diǎn):理論上可以檢測幾乎任何基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物;可以實(shí)現(xiàn)極為微量RNA樣品(ng級別)的檢測;樣品耐受性好,未經(jīng)純化的粗制生物樣品也可以用于檢測。北京莖環(huán)法逆轉(zhuǎn)錄

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