二代測(cè)序——技術(shù)原理類問(wèn)題

二代測(cè)序與一代測(cè)序的區(qū)別是什么：一代測(cè)序技術(shù)如Sanger測(cè)序，一次只能讀取一條DNA序列，通量低、速度慢、成本高，但準(zhǔn)確性高，適用于對(duì)少量基因片段的精確測(cè)序。而二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點(diǎn)，可以同時(shí)對(duì)大量DNA分子進(jìn)行測(cè)序，但在單個(gè)堿基的準(zhǔn)確性上稍低于一代測(cè)序，二者在不同的應(yīng)用場(chǎng)景中各有優(yōu)勢(shì)。二代測(cè)序有哪些主要的測(cè)序原理：主要包括邊合成邊測(cè)序和連接法測(cè)序。邊合成邊測(cè)序是在DNA聚合酶的作用下，逐個(gè)添加帶有熒光標(biāo)記的dNTP，通過(guò)檢測(cè)釋放的熒光信號(hào)來(lái)確定堿基序列；連接法測(cè)序則是利用DNA連接酶將寡核苷酸探針連接到模板DNA上，根據(jù)連接的探針序列來(lái)推斷模板DNA的堿基組成。 二代測(cè)序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來(lái)的DNA測(cè)序技術(shù)。新疆二代測(cè)序原理

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟②

二、片段化處理

物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過(guò)超聲波的高頻振動(dòng)將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫(kù)構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過(guò)調(diào)整超聲功率和時(shí)間，可以將DNA片段化到幾百堿基對(duì)（bp）的長(zhǎng)度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測(cè)序的讀長(zhǎng)要求。超聲破碎的優(yōu)點(diǎn)是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會(huì)導(dǎo)致過(guò)度破碎或片段大小不一致。

酶切方法：利用限制性內(nèi)切酶進(jìn)行片段化。限制性內(nèi)切酶能夠識(shí)別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識(shí)別GAATTC序列并進(jìn)行切割。通過(guò)選擇合適的限制性內(nèi)切酶組合，可以將DNA切割成期望大小的片段。不過(guò)，這種方法的局限性在于酶切位點(diǎn)的限制，可能無(wú)法獲得理想的片段大小分布，而且可能會(huì)引入酶切偏好性。 江蘇哪里有二代測(cè)序價(jià)格二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高準(zhǔn)確性。

二代測(cè)序——基因組測(cè)序該測(cè)幾個(gè)G？②

人類全外顯子組測(cè)序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測(cè)序深度來(lái)確保外顯子區(qū)域的變異檢測(cè)準(zhǔn)確性，一般測(cè)序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測(cè)序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，能夠高效地檢測(cè)出與疾病相關(guān)的基因突變，常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動(dòng)植物基因組測(cè)序

常見動(dòng)植物：對(duì)于一些常見的動(dòng)植物物種，如水稻、小鼠等，其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測(cè)序時(shí)，測(cè)序深度一般在10X-30X左右，數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測(cè)序或特定性狀相關(guān)的研究，測(cè)序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。

復(fù)雜基因組的動(dòng)植物：部分動(dòng)植物的基因組較大且復(fù)雜，例如某些魚類、植物的多倍體物種等，其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對(duì)于這類物種的全基因組測(cè)序，測(cè)序深度可能在5X-10X左右，數(shù)據(jù)量也會(huì)因基因組大小而異，從幾十G到數(shù)百G不等。

什么樣本可以做二代測(cè)序？①

1、血液樣本

全血：這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞，其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過(guò)提取白細(xì)胞中的DNA，可以進(jìn)行全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA后，對(duì)與疾病相關(guān)的基因或整個(gè)外顯子組進(jìn)行測(cè)序，以尋找致病突變。

血漿/血清：其中含有游離的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放其DNA片段進(jìn)入血液循環(huán)，這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA（ctDNA）。通過(guò)對(duì)血漿中的ctDNA進(jìn)行測(cè)序，可以實(shí)現(xiàn)**的早期篩查、***過(guò)程中的動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)等。例如，對(duì)于肺*患者，檢測(cè)血漿中的ctDNA來(lái)追蹤**的基因突變情況，為靶向***提供依據(jù)。 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。

二代測(cè)序——蛋白質(zhì)甲基化

概念及位置：蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸（Arg）和賴氨酸（Lys）殘基。

作用

1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴氨酸殘基（如 H3K4、H3K9 等）發(fā)生甲基化時(shí)，會(huì)招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物，從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性：某些酶的活性可以通過(guò)蛋白質(zhì)甲基化來(lái)調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。

檢測(cè)方法：質(zhì)譜分析：這是一種***用于檢測(cè)蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量，通過(guò)比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖，可以鑒定甲基化位點(diǎn)和修飾程度。 二代測(cè)序需要分析嗎？西藏二代測(cè)序公司

基因組重測(cè)序是二代測(cè)序嗎？新疆二代測(cè)序原理

二代測(cè)序—全外顯子測(cè)序的優(yōu)勢(shì)

針對(duì)性強(qiáng)：它主要聚焦于基因組中編碼蛋白質(zhì)的區(qū)域，這部分區(qū)域雖然只占整個(gè)基因組的 1 - 2% 左右，但包含了大部分與疾病相關(guān)的突變。例如，在研究孟德爾遺傳病時(shí)，很多致病突變都位于外顯子區(qū)域，通過(guò)全外顯子測(cè)序可以更高效地找到這些突變。

成本效益高：相比于全基因組測(cè)序，全外顯子測(cè)序的成本相對(duì)較低。因?yàn)樗恍枰獙?duì)整個(gè)基因組（包括大量的非編碼區(qū)域）進(jìn)行測(cè)序，在一定程度上減少了數(shù)據(jù)量和測(cè)序成本，同時(shí)又能獲取大部分有重要功能意義的遺傳信息。 新疆二代測(cè)序原理

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